Sur le territoire de l'agglomération, il existe deux modes de collecte qui s'expliquent par:
- la topographie
- la densité de l'habitat
- la date d'installation des réseaux (avant 1970, la préférence était donné aux réseaux unitaires)
Les réseaux unitaires
Les réseaux unitaires, auxquels la majeure partie de la population de l'agglomération est raccordée (essentiellement Bayonne et Biarritz).
Les eaux pluviales et eaux usées sont collectées ensembles et acheminées vers une station d'épuration.
Les réseaux séparatifs
Les réseaux séparatifs, sur la commune d'Anglet, qui individualisent la collecte des eaux usées et des eaux pluviales.